En los sitios en donde se han evidenciado afectaciones a las áreas protegidas, la CDMB está haciendo requerimientos a los responsables de estas acciones, para mitigar los daños causados. Las afectaciones más recurrentes encontradas por los ingenieros de la autoridad ambiental, están relacionadas con movimientos de tierras efectuados por particulares para ejecutar construcciones de todo tipo de infraestructura industrial.
En estos casos se han reportado cortes de taludes que tienen como consecuencia el aumento del riesgo de procesos erosivos, y la pérdida de la micro vida y de los nutrientes del suelo. Para contrarrestar estos daños la CDMB le pide a los particulares realizar obras de estabilización, y frenar cualquier obra que incremente la afectación.
Otro de los daños encontrados en estas áreas de protección especial está relacionado con el recursos agua. En algunos afluentes las zonas de aislamiento y protección no son respetadas y permanecen ocupadas por escombros, sedimentos y otros materiales que generan contaminación.
La CDMB le recuerda a los particulares que para adelantar cualquier tipo de construcción en la franja de protección de una quebrada, que es de 15 metros a cada lado, tienen que tramitar un permiso de ocupación de cauce, que puede suponer la realización de estudios adicionales como el de cota de inundación y de geotecnia, lo cuales garantizan la conservación del ecosistema para el futuro.
En varios casos la entidad ha iniciado procesos de investigación sancionatorios por los daños generados al DMI, que pueden terminar en exoneración de cargos, o en la imposición de multas económicas en contra de los presuntos infractores ambientales.